Duchovní péče je integrální součástí charitní činnosti. V centru jejího zájmu je člověk jako bytost hledající smysl, toužící po lásce a přijetí a mnohdy nacházející Boha v místech nebo situacích, ve kterých by to nečekal.

Úkoly duchovní služby:

• Vzdělávací – přednášky a semináře na téma idea a podstata charitativní práce, seznamování s katolickou sociální naukou, zajišťování přednášek a seminářů s duchovní tématikou, zajišťování duchovních obnov pro charitní zaměstnance.
• Praktické – podpora duchovního rozměru charitní práce, setkávání se s pracovníky a klienty v jednotlivých charitních zařízeních, zajišťování charitních bohoslužeb, duchovní rozhovory a přípravy ke svátostem, modlitby za Charitu.
• Kooperující – podpora spolupráce mezi Charitou a farnostmi prostějovského děkanátu, poskytování informací duchovním správcům prostějovského děkanátu o činnosti Charity, zprostředkování setkání s knězem, podpora charitativní činnosti ve farnostech prostějovského děkanátu.