Židovské muzeum spravuje tyto objekty: Maiselovu synagogu, Španělskou Synagogu, Starý židovský hřbitov, Klausovou synagogu, Obřadní síň (budova pražského Pohřebního bratrstva), Galerii Roberta Guttmanna a Vzdělávací a kulturní centrum pobočka v Brně.